Ogród Botaniczny Uniwersytetu Jagiellońskiego znajduje się na ul. Kopernika 27 w Krakowie. Położony jest na dawnych terasach rzeki Wisły, obecnie oddalonej o ok. 1,5 km na płd. Północna część Ogrodu leży na terasie wyższej, zaś południowa - na terasie zalewowej.